Les mutations conduisant à la variante omicron n’ont pas permis au virus d’échapper complètement au système immunitaire

Les personnes qui ont acquis une immunité – soit par vaccination, soit par exposition – contre la souche originale du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, sont également susceptibles d’avoir une certaine protection contre la variante omicron de l’agent pathogène. C’est parce que les mutations qui ont conduit à l’émergence de la variante ne se trouvent pas dans les régions du virus qui stimulent un type de réponse immunitaire cellulaire, explique une équipe de recherche internationale de Johns Hopkins Medicine, en collaboration avec l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses. (NIAID) et ImmunoScape, une société de biotechnologie américano-singapourienne.

Cependant, les chercheurs avertissent que leur découverte ne concerne qu’un seul type d’immunité à médiation cellulaire – la défense de l’organisme contre les envahisseurs qui n’implique pas d’anticorps circulants – et que ce pourrait être la réponse immunitaire liée aux anticorps (appelée immunité humorale) qui échoue lorsque omicron provoque des infections dites percées.

L’étude de l’équipe a été publiée le 1er mars 2022 dans mBio, une revue de l’American Society for Microbiology.

“Nous avons découvert dans une étude de janvier 2021 que chez les personnes précédemment infectées par la souche COVID d’origine, des épitopes spécifiques [portions of a protein that elicit an immune response] du virus sont reconnus par les cellules du système immunitaire appelées lymphocytes T CD8+, ou cellules T tueuses, et que cette reconnaissance permet une attaque à médiation cellulaire contre le COVID », déclare l’auteur principal de l’étude Andrew Redd, Ph.D., professeur adjoint de médecine à la Johns Hopkins University School of Medicine et scientifique du NIAID. “Dans nos derniers travaux, nous avons constaté que ces épitopes restaient pratiquement intacts par les mutations trouvées dans la variante omicron. Par conséquent, la réponse des lymphocytes T CD8+ à l’omicron devrait être pratiquement aussi forte qu’elle l’était à la forme initiale du SARS-CoV-2.”

D’autres groupes de recherche aux États-Unis et en Afrique du Sud ont démontré des résultats très similaires pour les personnes précédemment infectées ou vaccinées contre la souche originale du SRAS-CoV-2.

Les lymphocytes T CD8+ sont surnommés les lymphocytes T tueurs (ils sont également connus sous le nom de lymphocytes T cytotoxiques) pour leur capacité à éliminer les envahisseurs étrangers tels que les bactéries et les virus du corps. Les cellules T utilisées dans la dernière étude provenaient d’échantillons de sang prélevés en 2020 sur 30 patients qui s’étaient rétablis de cas légers à modérés de COVID-19. Les donneurs de plasma convalescents avaient six antigènes leucocytaires humains (protéines de surface cellulaire qui régulent le système immunitaire et font partie du profil génétique de chaque personne), dit Redd, qui sont représentatifs de plus de 73% de la population américaine.

“Cela suggère qu’une partie importante des Américains qui ont été vaccinés ou exposés à la souche originale du SRAS-CoV-2 pourraient avoir des lymphocytes T cytotoxiques qui peuvent produire une réponse immunitaire à l’omicron”, déclare l’auteur principal de l’étude, Aaron Tobian, MD, Ph.D., directeur de la division de médecine transfusionnelle et professeur de pathologie à la Johns Hopkins University School of Medicine.

Les échantillons de sang utilisés dans cette étude – initialement acquis pour l’étude antérieure de l’équipe de recherche sur la réponse immunitaire chez les patients en convalescence – ont été prélevés de 26 à 62 jours après que les donneurs ont cessé d’avoir des symptômes de COVID-19. Cela a permis à la réponse immunitaire des donneurs au virus d’être pleinement mature et de produire des lymphocytes T CD8+ amorcés contre lui. Les échantillons ont été stockés après que les chercheurs ont mesuré la réponse des lymphocytes T.

Au cours de cette évaluation, des échantillons de donneurs ont été envoyés à ImmunoScape pour la tâche difficile d’identifier les cellules T qui avaient répondu au SRAS-CoV-2. Plus précisément, la méthode de profilage des cellules immunitaires profondes de la société a montré quelles protéines virales ont déclenché une réponse dirigée par les lymphocytes T – des données qui pourraient fournir des informations précieuses sur les propriétés fonctionnelles des lymphocytes T.

Dans l’analyse originale, les échantillons de sang ont été sondés avec 408 épitopes différents du SRAS-CoV-2 provenant de pointes à la surface du virus, de la capsule virale et de protéines non structurelles à l’intérieur du virus. Les chercheurs ont découvert que les cellules T des donneurs convalescents reconnaissaient 52 des 408 épitopes.

Redd dit que dans la dernière étude, les chercheurs ont examiné les 52 épitopes précédemment identifiés dans les échantillons de sang de convalescence pour déterminer s’ils avaient été modifiés par des mutations d’échappement – ​​des modifications génétiques qui permettraient au virus d’éviter d’être sensible à l’immunité à médiation cellulaire.

“Nous n’avons trouvé qu’un seul épitope à faible prévalence de la protéine de pointe omicron qui avait un changement mineur par rapport à son prédécesseur dans le virus d’origine”, explique Redd. “Dans l’ensemble, la variante omicron est connue pour avoir plus de 50 différences mutationnelles entre elle et la souche SARS-CoV-2 d’origine, mais il semble que le virus n’ait pas développé la capacité d’éviter la reconnaissance des lymphocytes T.”

Alors qu’une immunité à médiation cellulaire importante semble avoir été maintenue à partir du SRAS-CoV-2 d’origine jusqu’à ses variantes ultérieures, Redd, Tobian et leurs collègues affirment que davantage de recherches sont nécessaires pour définir pleinement pourquoi les personnes qui bénéficient de cette protection peuvent encore tomber malades à cause d’omicron .

Redd Andrew D, Nardin Alessandra, Kared Hassen, Bloch Evan M, Abel Brian, Pekosz Andrew, Laeyendecker Oliver, Fehlings Michael, Quinn Thomas C, Tobian Aaron AR, Goff Stephen P.
Croisement minimal entre les mutations associées à la variante Omicron du SARS-CoV-2 et aux épitopes de cellules T CD8+ identifiés chez les personnes convalescentes COVID-19.
mBio, e03617-21, 2022. doi : 10.1128/mbio.03617-21